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Ísafjörður liegt, eingefasst von den schroff abfallenden Berghängen des Eyrarfjall (bis 731 m) und des Kirkjubólsfjall (bis 832 m), am Skutulsfjörður, einem Seitenarm des Ísafjarðardjúp. Die Stadt bildet das Wirtschafts- und Verwaltungszentrum der Westfjorde.

Die Sandbank (isl. eyri), die den Ort trägt, wurde immer wieder aufgeschüttet, um Neuland zu bilden. Somit hat sich die Fläche der Stadt kontinuierlich vergrößert, die Halbinsel reicht heute fast von einem Ufer des Fjords zum anderen, wobei ein wirkungsvoll geschützter Hafen entstand.